[3] Vorsitzender der
CSU-Landesgruppe

1962 kam es im Zusammenhang mit der Spiegel-Affäre zu einem Revirement in der Führung der Landesgruppe. Werner Dollinger, Vorsitzender der CSU-Landesgruppe seit 1961, trat als Bundesschatzminister in das Kabinett Adenauer IV ein, während Franz Josef Strauß nach seiner Wahl am 22. Januar 1963 zum zweiten Mal den Vorsitz in der Landesgruppe übernahm.

Während dieser zweiten Amtszeit konnte Franz Josef Strauß in Kombination mit dem Parteivorsitz die Position der CSU im Bund stärken. Dies zeigte sich etwa bei der Regierungsbildung 1965, bei der die CSU fünf Minister im Kabinett stellte. Auch mit Beginn der neuen Legislaturperiode blieb Franz Josef Strauß weiterhin Vorsitzender der Landesgruppe, wobei er Konflikten mit der Bundesregierung vor allem in Fragen der Außen- und Sicherheitspolitik keineswegs auswich. In Anbetracht der Finanz- und Wirtschaftskrise des Jahres 1966 hielt es Franz Josef Strauß für notwendig, das Modell der Sozialen Marktwirtschaft durch die Vorgabe von Rahmenbedingungen des Staates zu modifizieren, was Bundeskanzler Ludwig Erhard aber entschieden ablehnte. Die Haltung des Bundeskanzlers verstärkte die Zweifel an seiner Führungskraft. Sie führten schließlich zu einer Koalitionskrise, die mit dem Ausscheiden der FDP-Minister im Oktober und dem Rücktritt des Bundeskanzlers am 2. November 1966 ihren Höhepunkt erreichte. Anschließende Verhandlungen zwischen CDU/CSU und SPD über eine große Koalition, an denen von Seiten der SPD u. a. Herbert Wehner und von Seiten der Union auch Franz Josef Strauß beteiligt waren, konnten mit der Wahl von Kurt Georg Kiesinger zum Bundeskanzler am 1. Dezember 1966 erfolgreich abgeschlossen werden. Mit seiner Berufung als Finanzminister ging der Vorsitz der Landesgruppe von Franz Josef Strauß auf Richard Stücklen über.