Am 31. August 1939 wurde er zur Wehrmacht (schwere Artillerie) nach Landsberg
eingezogen und kurz darauf zur II. Abteilung des Artillerieregiments 43 in der
Nähe von Trier versetzt.
Nachdem er im März 1940 zur Ablegung des Ersten
Staatsexamens von seinem Truppenteil beurlaubt worden war, kehrte er am 16. April
1940
dorthin zurück.
Im gleichen Jahr erfolgte am 1. Mai seine Beförderung zum Gefreiten und
die Teilnahme am Frankreichfeldzug.
Am 1. November wurde Franz Josef Strauß zum Unteroffizier befördert.
Im Februar 1941 unterstellte man seine Batterie der Heeresflak-Abteilung 277,
die in Kronach in Oberfranken zusammengestellt worden war und nach Abschluss
der Aufstellung in Polen zum Einsatz kam. Nach der Ablegung des Zweiten
Staatsexamens am 1. April 1941 wurde er am 14. April erneut einberufen
und nahm ab Juni am Russlandfeldzug teil. Sein Truppenteil kam nacheinander
in den Räumen Przemysl, Lemberg, Kirowgrad, Kremtschug und Dnjepr zum Einsatz.