Nachdem Vermittlungsversuche auf verschiedenen Ebenen beider Parteien gescheitert waren, wählte die CDU/CSU-Fraktion im Deutschen Bundestag schließlich am 2. Juli 1979 mit 135 zu 102 Stimmen den Bayerischen Ministerpräsidenten zum gemeinsamen Kanzlerkandidaten der Union. Die Kandidatur fand in der Bevölkerung ebenso entschiedene Befürworter wie vehemente Gegner. Der Wahlkampf war emotional stark aufgeladen. Neben den Parteien und den Jungendorganisationen von SPD, FDP und der Union engagierten sich unterschiedliche gesellschaftliche Gruppen leidenschaftlich für ihren jeweiligen Kandidaten. Die wirtschaftliche Gesundung, familienpolitische Reformen und die Verlässlichkeit der deutschen Außenpolitik bildeten Kernpunkte des Wahlprogramms von Franz Josef Strauß.
Bei der Wahl am 5. Oktober erreichten CSU (57,6 %) und CDU (34,2 %) zusammen 44,5 % und lagen damit vor der Regierungspartei SPD mit 42,9 %. Die Regierung bildeten jedoch erneut SPD und FDP (10,6 %), die zusammen 53,5 % der Stimmen erreichten. Franz Josef Strauß, der sowohl als Direktkandidat des Wahlkreises Weilheim wie auch auf Platz 1 der Landesliste kandidiert hatte, nahm sein Mandat nicht an, sondern behielt sein Amt als Bayerischer Ministerpräsident.