Dem großen Interesse des ersten CSU-Vorsitzenden Josef Müller an einem eigenen Parteiorgan stand die restriktive Pressepolitik der amerikanischen Militärregierung entgegen, die mit ihrer rigiden Kontroll- und Lizenzierungspolitik nur unabhängige, parteipolitisch neutrale Zeitungen förderte. Die Parteien durften lediglich dünne Mitteilungsblätter oder Wochenschriften publizieren, für die strenge Auflagen galten. Der erste Versuch einer Wochenzeitung, die Josef Müller erstmals im Dezember 1948 unter dem Titel "Der gerade Weg" herausgab, scheiterte bereits nach einem halben Jahr an finanziellen, organisatorischen und personellen Mängeln sowie an der inhaltlichen Konzeption. Der von ihm gewählte Titel knüpfte an eine gleichnamige Zeitung des Journalisten Fritz Gerlich an, der als scharfer Kritiker des Nationalsozialismus 1934 im Konzentrationslager Dachau ermordet worden war.

Für die CSU bedeutete die Aufhebung der Lizenzpflicht am 4. Mai 1949 zunächst keine Änderung der Verhältnisse. Die Herausgabe einer Parteizeitung wurde nämlich sowohl durch die mit der Währungsreform verbundenen Umstände wie auch durch die in der Gründungsphase der Partei ausgebrochenen Flügelkämpfe unmöglich gemacht. Nachdem die Wahl Hans Ehards zum Landesvorsitzenden am 28. Mai des gleichen Jahres die parteiinternen Auseinandersetzungen entschärft hatte, konnte auch die Herausgabe eines bayernweiten Parteiorgans in Angriff genommen werden.

Als am 3. Juni 1950 die neue Parteizeitung erschien, nahm ihr Titel "Bayernkurier" bewusst Bezug auf den "Bayerischen Kurier", der in der Weimarer Republik der Bayerischen Volkspartei als zentrales Parteiorgan gedient hatte. Herausgeber war neben Lorenz Sedlmayr der damalige Generalsekretär und Bundestagsabgeordnete Franz Josef Strauß, der zugleich auch als Chefredakteur fungierte. Nachdem zwischen 1957 und 1961 Hanns Seidel als weiterer Herausgeber hinzugekommen war, übernahm Franz Josef Strauß 1964 die alleinige editorische Verantwortung. In dieser Funktion unterstrich er immer wieder die Bedeutung, die einer derartigen Zeitung im Rahmen der Parteiorganisation zukam. 

Auch nach seinem Tod 1988 blieb diese Verantwortung in Würdigung seiner Verdienste um das Parteiorgan nominell bestehen. So wurde Franz Josef Strauß unter den nachfolgenden Parteivorsitzenden, die als Herausgeber verantwortlich zeichneten, stets mit der Bezeichnung Gründungsherausgeber im Impressum der Zeitung erwähnt.

War das Betätigungsfeld des Bayernkurier zunächst mehr auf die landespolitische Ebene beschränkt, so änderten sich im Laufe der Jahre Erscheinungsbild und Zielrichtung. Diese Entwicklung spiegelte sich dann in den Untertiteln der Zeitung wider. Ersetzte man den bisherigen Untertitel "Wochenzeitung für das Bayerische Volk" zu Beginn der sechziger Jahre durch "Wochenzeitung für Politik, Wirtschaft und Kultur", so unterstrich man seit etwa 1964 den bundespolitischen Anspruch der CSU durch die Verwendung des Untertitels "Deutsche Wochenzeitung für Politik, Kultur und Wirtschaft". Parallel dazu steigerte sich auch die Auflagenhöhe des Blatts von eher bescheidenen Anfängen in den fünfziger Jahren, über etwa 5.000 Exemplare im Jahr 1957 auf bis zu 80.000 im Jahr 1964. Dieser Trend hielt auch nach 1964 an und machte den Bayernkurier endgültig zum publizistischen Sprachrohr der CSU.

Dazu trugen die Leitartikel von Franz Josef Strauß u.a. zu deutschlands-, wirtschafts- und sicherheitspolitischen Themen ebenso bei wie die Veröffentlichungen seiner wichtigsten Reden in Auszügen. Auch die Artikel, die die Spannungen der beiden Schwesterparteien - etwa den Streit der sogenannten "Atlantiker" und "Gaullisten" um die außenpolitische Ausrichtung der Union - widerspiegelten oder sich kritisch mit den sozialliberalen Regierungen unter Willy Brandt und Helmut Schmidt bzw. seit 1982 mit der Regierung unter Helmut Kohl auseinandersetzten, spielten dabei eine wichtige Rolle.

Die sich seit 1977 mit dem Chefredakteur Wilfried Scharnagl ergebende intellektuelle und politische Symbiose zwischen Herausgeber und Parteiorgan beschrieb Franz Josef Strauß anlässlich einer Buchvorstellung in den achtziger Jahren mit den Worten: "... er schreibt was ich denke, und ich denke was er schreibt".

Diese Verbundenheit zwischen Herausgeber und Chefredakteur setzte sich nach dem Tod von Franz Josef Strauß insoweit fort, als Wilfried Scharnagl in enger Zusammenarbeit mit dem Siedler Verlag die Verschriftlichung und Überarbeitung der auf Tonbandmittschnitten überlieferten Erinnerungen von Franz Josef Strauß übernahm.

Mit dem Tod von Franz Josef Strauß verlor der Bayernkurier allerdings seinen wichtigsten Protagonisten, der der Parteizeitung durch seine Beiträge, seine exponierte politische Stellung und seine polarisierende Wahrnehmung in der Öffentlichkeit stets Aufmerksamkeit und Auflagen sicherte. Verstärkt wurde der damit einhergehende allmähliche Bedeutungsverlust des Bayernkuriers von einem sich v.a. ab den 2000er Jahren ändernden Nutzerverhalten der Leser und einer zunehmenden Entwicklung hin zu digitalen Formaten. Ab Juni 2015 erschien der bisher als Wochenzeitung konzipierte Bayernkurier als Monatsmagazin. Flankiert wurde er zudem durch ein erweitertes Online-Angebot und eine Bayernkurier-App. Mit der Ausgabe vom November 2019 verabschiedete sich die CSU aber auch von diesem Format und stellte den Bayernkurier nach insgesamt fast 70 Jahren ein. Von nun an konzentrierte sich die Partei in ihrer Kommunikation verstärkt auf digitale Kanäle und soziale Medien.